Nos encontramos tras los sucesos acontecidos alrededor del Proyecto Llegada. La Dra. Amanda Kenson intentó acabar con la vida del comandante Shepard para que éste no evitara la inminente invasión de los segadores. Éste se vió obligado a acabar con el sistema batariano Bahak destruyendo su relé de masa y causando la muerte de 300.000 batarianos aunque evitando que los segadores llegaran a la Vía Láctea en menos de una hora.

El Almirante Hackett, el cual había pedido como favor a Shepard aquella misión, intentó retrasar la acusación y juicio del comandante lo más posible, pero el día ha llegado, el día en el que la Tierra juzga el ‘crimen’ de John Shepard: genocidio contra el pueblo Batariano debido a su pertenencia al grupo terrorista Cerberus.